學校成立于1958年，1960年開始招收首屆本科學生，1963年參與合并組建福建第二師范學院，1986年復辦福建第二師范學院并更名為漳州師范學院，1992年獲學士學位授予權，2003年獲碩士學位授予權，2007年被列為福建省重點建設高校，2012年獲服務國家特殊需求博士人才培養項目，2013年4月更名為閩南師范大學。2018年，學校被列為福建省一流學科建設高校。